Джидинский район занимает долину среднего и нижнего течения реки Джиды и прилегающие к ней Боргойские сухие солончаковые степи. С севера район ограничивает Хамар-Дабанский и Боргойский, а с юга — Джидинский хребты. Долина Джиды в пределах района сравнительно широкая, но в 5 км от устья прорывается сквозь «Даристуйские щеки». Внутренние административные границы имеет с Селенгинским, Кяхтинским, Закаменским, Кабанским районами, внешние границы с Монголией. Леса расположены по правому берегу Джиды и на склонах Хамар-Дабана. Здесь господствует лиственница, которую на больших высотах сменяет кедр, пихта, ель, а в долинах — сосна. В общей площади района лесной фонд составляет 42 процента, а лесопокрытая площадь — 97 % от общей площади лесного фонда. Для Джидинского района, также как и в целом по республике, характерен резко выраженный континентальный климат с большими амплитудами колебаний годовой и суточной температурой. Средняя температура января составляет 36,4 градуса. Территория Джидинского района находится в зоне достаточного увлажнения, годовое количество осадков составляет 410-423 мм. Максимальное количество осадков приходится на летние периоды, когда выпадают осадки в количестве 34-41 мм в сутки.